לאחר סיומה של החקירה המשטרתית, יעבור התיק לגורם שבסמכותו לקבל החלטה לגבי המשך הטיפול בתיק- פרקליטות או תביעה משטרתית, וזאת בהתאם לחלוקת העבודה בין גורמי התביעה הקבועה בסעיף 60 לחוק סדר הדין הפלילי, לפיה עבירות מסוג עוון הינן בסמכות התביעה ועבירות פשע בסמכות הפרקליטות, בכפוף לחריגים הקבועים בתוספת ראשונה א' לחוק סדר הדין הפלילי. דוגמה לחריג הן עבירות הסמים, שהוכפפו לסמכות התביעה עד לכמות מסוימת על אף שמדובר בעבירות פשע ואילו עבירות מין, שחלקן הינן עבירות מסוג עוון, הוכפפו כולן לסמכות הפרקליטות.
כאמור, לאחר סיומה של החקירה, מועבר התיק לתובע או פרקליט אשר בוחן את כל חומרי החקירה בתיק ומקבל החלטה האם יש ראיות מספיקות להעמדת החשוד לדין, אז יוגש כתב אישום כנגדו. לעיתים, סבור התובע כי יש צורך בביצוע פעולות חקירה נוספות על מנת לקבל החלטה בנוגע לתיק, אז יעביר ליחידה החוקרת את רשימת הפעולות שיש לבצען והתיק יוחזר לאחר המשך החקירה.
לאחר בחינת התיק, בחלק מן המקרים יגיע התובע למסקנה כי לא ניתן להגיש כתב אישום בתיק ויש לסגור אותו, כאשר החוק מציין מספר עילות לסגירת תיק חקירה והמרכזיות שבהן הן חוסר אשמה, חוסר ראיות מספיקות, נסיבות העניין לא מתאימות להעמדה לדין וסגירת תיק בהסדר (הסדר מותנה). עילות נוספות לסגירת תיק חקירה הן עבריין לא נודע, התיישנות, קטינות, מות חשוד או נאשם ועוד. לאחר המלצת הפרקליט או התובע המטפל, התיק יועבר אל הגורם הממונה שבסמכותו לסגור את התיק בהתאם להמלצה או להחליט כי יוגש כתב אישום.
על כן, לאחר שנחקרת במשטרה, מומלץ לעדכן את עורך הדין שלך במהלך החקירה ובראיות שהוטחו בך וכך יוכל להבין את התשתית הראייתית בתיק ולפנות לתביעה בבקשה לסגירת התיק חלף הגשת כתב אישום.
באם מתקבלת החלטת גניזה והתיק הפלילי נסגר, הדבר משמעותי מאד שכן רשימת הגופים שיוכלו לדעת על קיומו של התיק מצטמצמת, בשונה מתיק בו הורשע נאשם ונגזר דינו.
ניתן לחלק את העילות לסגירת תיק לשתיים, כאשר בעילות של חוסר אשמה וחוסר ראיות מספיקות, חומר הראיות שנאסף אינו מספיק כדי להצביע שהחשוד ביצע את העבירות בהן נחשד מעבר לכל ספק סביר ולכן מתקבלת ההחלטה לסגור את התיק. מנגד, עילת הסגירה נסיבות העניין אינן מתאימות להעמדה לדין עוסקת במקרים שבהם חומר הראיות בתיק מצביע כי החשוד ביצע את המיוחס לו, אך בשל שיקולים נוספים הוחלט לסגור את התיק.
בבג"ץ 935/93 גנור נ' היועץ המשפטי לממשלה נקבעה על ידי בית המשפט העליון משמעותה של עילה זו (בנוסחה הישן דאז- היעדר עניין לציבור): "התועלת שתצמח לערכים ולעקרונות שהמשפט הפלילי מגן עליהם, אם החשוד יועמד לדין, אינה שקולה כנגד הנזק שייגרם ולערכים ולעקרונות אלה, אם החשוד לא יועמד לדין". הנחיית פרקליט המדינה 1.1 עוסקת באותם מקרים ונועדה להתוות את שיקול הדעת של התובע או הפרקליט בכל הנוגע לעילה זו. בהתאם להנחיה זו, השיקולים אליהם יש להתייחס, בין היתר, הם: חומרת העבירה ונסיבות ביצועה, למשל היקף הנזק שנגרם, שכיחות התופעה העבריינית, משך הזמן בו בוצעה ההתנהגות העבריינית, חלוף הזמן מאז ביצוע העבירה; נסיבותיו האישיות של החשוד, למשל גילו ומצבו הבריאותי, עברו הפלילי, קיומם של תיקים שנסגרו כנגדו בעבר; סיכויי שיקומו של החשוד וההשלכות של הגשת כתב אישום כנגדו, מידת שיתוף הפעולה של החשוד עם רשויות החקירה, נכונות של החשוד לפצות את נפגע העבירה; נסיבות הקשורות בנפגע העבירה, למשל מידת הפגיעה בנפגע העבירה, עמדת נפגע העבירה, הסדר שהושג בין הצדדים, מידת הפגיעה באמון הציבור במערכת אכיפת החוק, הנזק שעלול היגרם לנפגע העבירה אם יאלץ להעיד במשפט; מדיניות אכיפה, כך שאם העבירה נמצאת בסדר עדיפות גבוה מבחינת מדיניות האכיפה תהיה נטייה להגיש את כתב האישום נגד החשוד. יש לציין כי לא מדובר ב"רשימה סגורה" ולכן יכולים להיות שיקולים נוספים שייטו את הכף לכיוון הגשת כתב אישום או סגירת התיק.